En la Provincia de Concepción, varias de sus ciudades tienen origen en fortificaciones españolas construidas con fines defensivos en el contexto de la Guerra de Arauco. Si se estudian aquellas situadas al sur del río Biobío y en sus cercanías, vemos que fueron numerosas, aunque algunas de muy corta vida. Podemos mencionar el fuerte de Arauco (1552), Santa Margarita de Lebu (1557), San Jerónimo (1585), Espíritu Santo de Catiray (1585), Nacimiento (1603), San Francisco de Borja de Negrete (1606), Santa Juana de Guadalcázar (1626), Santa María de Guadalupe (1661), San Miguel Arcángel de Colcura (1662), entre otros varios que se construyeron en la orilla norte del histórico río.

De ellos, el fuerte de Santa Juana, junto con el de Nacimiento y Colcura, han sobrevivido -gracias a sucesivas reparaciones- hasta nuestros días. Según el historiador Fernando Venegas, al primero originariamente se le bautizó como Talcamawida, pero dado el contexto bélico se decidió trasladar dicha empalizada al norte del Biobío, dejando así abierta la oportunidad de crear uno nuevo en la ribera sur, lo que fue aprovechado por el entonces gobernador Luis Fernández de Córdoba. Así nació el fuerte de Santa Juana (1626), primero como empalizada de maderas y más tarde reforzado con piedras, y un foso defensivo aledaño a la laguna Rayenantú.

Sobre la base de esta fortificación, y a medida que el conflicto bajaba su escalada y daba paso al intercambio comercial y también al mestizaje, se fue adecuando un poblado aledaño. Ello no implicó que estuviera alejado de la guerra de Arauco, pero sus hechos más memorables se remontan a la guerra de independencia (1813-1818) y sobre todo en la guerra a muerte (1819-1824). Fue escenario de combates también en las guerras civiles de 1851 y 1859.

El terremoto de 1835 también afectó a la villa, que se cayó en su mayor parte. Sin embargo, el cabildo local decidió cambiar el poblado de ubicación en 1841, un poco más al este, donde se encuentra en la actualidad.

Fue cabecera del entonces Departamento de Lautaro (1826-1927) hasta 1865, cuando producto de la minería del carbón el privilegio pasó a la joven villa de Coronel.

Este hecho implicó que su impronta agrario-ganadera se consolidara con el paso del tiempo, y si bien hoy su crecimiento urbano es innegable, la identidad campesina se mantiene. Esto es producto de generaciones de campesinos, agricultores, chacareros y ganaderos, etc. Santa Juana mantiene un sello semirural. Es lugar de residencia de muchos trabajadores, no sólo de sus alrededores, sino de latitudes más lejanas como San Pedro, Concepción, Hualpén o Talcahuano. Su aislamiento de la ribera norte nunca ha existido, ya sea porque los balseros ayudaron por cientos de años a llevar pasajeros al fuerte de Talcamávida (en la ribera norte del Biobío), o porque, empujados por los nuevos medios de transporte, los santajuaninos se desplazan a través de los puentes que conectan San Pedro de la Paz con Concepción. Sin embargo, ello estaría a punto de cambiar, dado que existe un proyecto que uniría los antiguos fuertes confrontados (Santa Juana y Talcamávida), algo que no es nuevo, dado que a mediados del siglo XIX, conforme aumentaba la importancia de la minería del carbón, la familia Cousiño ofreció financiar su construcción. Esto, obviamente, nunca ocurrió. Hoy ello parece más cercano de concretarse, lo que traerá beneficios para sus habitantes, tanto en desplazamiento como en comercio y turismo, área que está convirtiéndose en el polo de desarrollo de varias localidades de la antigua frontera biobiana, en ciudades que también cuentan con un pasado histórico tan rico y cargado de eventos que siempre es bueno recordar.