Entre las palabras de dolor tras la muerte de Puga y homenajes transversales, la Compañía de Jesús, congregación a la que perteneció, manifestó "tristeza por su partida, así como la esperanza y alegría pascual por su encuentro con Jesucristo resucitado. (...) El padre Mariano ejerció su sacerdocio desde las periferias existenciales hasta el final de sus días. Fue sacerdote desde y con los olvidados, los enfermos, los perseguidos, los encarcelados, los más pobres de los pobres (...) Un luchador por la vida, la justicia y la verdad, que nunca cerró los ojos a los dolores de nuestro pueblo".